Аналитическое обеспечение технологии одномолекулярного секвенирования

Секвенирование – это процесс оцифровки молекул ДНК/РНК, т.е. определения их нуклеотидной последовательности. Оцифровка первого генома человека заняла 14 лет и завершилась в 2003 г. В настоящее время существуют технологии высокопроизводительного секвенирования, позволяющие оцифровать геном за считанные дни.

Наиболее популярные платформы секвенирования, такие как Illumina или IonTorrent, для усиления сигнала, используют амплификацию, т.е. искусственное копирование секвенируемых молекул. Это вносит искажения в подсчёт их количества при дальнейшем анализе. Точность подсчёта количества типов молекул и пропорций имеет критическое значение для некоторых приложений, например, таких как пренатальная диагностика трисомии у плода, определение уровня экспрессии генов. На данный момент (начало 2018 г.) в мире существует три компании, выпускающие высокопроизводительные секвенаторы, позволяющие проводить секвенирование без амплификации, т.е. одномолекулярное секвенирование, – это Oxford Nanopore, PacBio и SeqLL (бывший Helicos).

Секвенаторы SeqLL позволяют получать большое количество «ридов» (оцифрованных фрагментов) ДНК/РНК малой длины, что делает их отличным «счётчиком» числа типов молекул. Отсутствие промежуточной стадии искусственной амплификации позволяет точно измерять то, что другие платформы могут не видеть. Технология SeqLL идеально подходит для пренатальной диагностики, поиска РНК-биомаркеров, прямого секвенирования транскриптов с поли-А хвостом (DRS – direct sequencing) и других приложений.

 

Назад