За 13 лет работы наши специалисты опубликовали более 90 научных статей:

2013

St Laurent G, Tackett MR, Nechkin S, Shtokalo D, Antonets D, Savva YA, Maloney R, Kapranov P, Lawrence CE, Reenan RA. Genome-wide analysis of A-to-I RNA editing by single-molecule sequencing in Drosophila. // Nature Structural and Molecular Biology. 2013 Sep 29. doi: 10.1038/nsmb.2675.

Georges St Laurent, Dmitry Shtokalo, Biao Dong, Michael R Tackett, Xiaoxuan Fan, Sandra Lazorthes, Estelle Nicolas, Nianli Sang, Timothy J Triche, Timothy A McCaffrey, Weidong Xiao and Philipp Kapranov. VlincRNAs controlled by retroviral elements are a hallmark of pluripotency and cancer. // Genome Biology. 2013 July 22, 14:R73. doi:10.1186/gb-2013-14-7-r73.

Никитин С.И., Черемушкин Е.С. Разработка программы построения и кластеризации геномных профилей с использованием GPU. // Системная информатика. No.2, 2013

St Laurent G, Shtokalo D, Tackett MR, Yang Z, Vyatkin Y, Milos PM, Seilheimer B, McCaffrey TA, Kapranov P. On the importance of small changes in RNA expression. // Methods. 2013 Apr 4. pii: S1046-2023(13)00096-0. doi: 10.1016/j.ymeth.2013.03.027.

2012

Palyanov A., Khayrulin S., Larson S., Dibert A. Towards a virtual C. elegans: A framework for simulation and visualization of the neuromuscular system in a 3D physical environment. // In Silico Biology. 08/2012, 11(3). – P. 137-147.

Пальянов А.Ю., Пальянова Н.В., Хайрулин С.С. О проблемах моделирования биологических нейронных сетей. // Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии. – Новосибирcк, 2012. – Том 10, Вып. 3. – С. 46-57.

Демин А.В., Пальянов А.Ю. Обучающаяся система управления локомоцией для 3D-модели нематоды C.Elegans. // Нейроинформатика. – 2012. – Т. 6. – № 1. – С. 42-49.

Мигинский Д.С., Тимонов В.С. Применение сетевых описаний экосистем для автоматизированного построения имитационных моделей. // Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии. 2012. – Т. 10, Вып. 1, – С. 55-62.

Штокало Д.Н. О предельном переходе в модели многостадийного многоэтапного синтеза вещества. // Сибирский журнал индустриальной математики, 2012. Том XV, № 4(52). С. 135-146.

St Laurent III G., Shtokalo D., Tackett M., Yang Z., Eremina T., Wahlestedt C., Urcuqui-Inchima S., Seilheimer B., McCaffrey T., Kapranov P. Intronic RNAs constitute the major fraction of the non-coding RNA in mammalian cells. // BMC Genomics (2012), 13:504.

St Laurent III G., Shtokalo D., Heydarian M., Palyanov A., Babiy D., Zhou J., Kumar A., Urcuqui-Inchima S. Insights from the HuR-interacting transcriptome: ncRNAs, ubiquitin pathways, and patterns of secondary structure dependent RNA interactions. // Molecular Genetics and Genomics (2012) 287:867–879.

2011

Горохов Н.А, Черемушкин Е.С., Парыгин С, Стеймайер Ф. Библиотека для поиска сайтов связывания с транскрипционными факторами. // Программные продукты и системы, № 4, 2011.

2010

Тарануха В., Черемушкин Е.Hairpin cluster: программа по кластеризации шпилечных структур РНК.// В мире научных открытий, 2010, No.2 (08), Часть 3


 Черемушкин Е.С. Программа для построения геномных профилей весовых матриц. // Программные продукты и системы No. 4, 2010

С.И. Фадеев, В.А. Лихошвай, Д.Н. Штокало,В.К. Королев. Об исследовании математических моделей матричного синтеза нерегулярных полимеров ДНК, РНК и белков. // Сибирские электронные математические известия, 2010. Вып. 7, С. 467-475. http://semr.math.nsc.ru/v7/p467-475.pdf

В.А. Лихошвай,С.И. Фадеев, Д.Н. Штокало. Об исследовании нелинейных моделей многостадийного синтеза вещества //Тезисы III международной конференции "Математическая биология и биоинформатика", 2010, P. 30-31.

Shtokalo D., Palyanov A.Y., Babiy D., Heydarian M., Stlaurent G. Identification Of Protein Binding Motifs In RNA Considering Both Primary Sequence And Secondary Structure // In: Proc. Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS), 2010

Shtokalo D., Nechkin S., Eremina T., Cheremushkin E., Reenan R., Stlaurent G. Modified PSWM for RNA editing sites search // In: Proc. Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS), 2010

Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Fadeev S.I. Gene networks modelling. Limiting transitions in processes of synthesis. // In: Proc. Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS), 2010, pp.268.

Palyanov A., Cheremushkin E., Shtokalo D., Nechkin S., Heydarian M., St.Laurent G. Structural analysis or RNA sequences interacting with HuR protein // Программные продукты и системы, 2010. N3.

A.Пальянов, С.Хайрулин, A.Диберт. Virtual organism under controlling of model of biological neuron system // Microsoft ImagineCup 2010, Томск.

A.Пальянов, С.Хайрулин, A.Диберт. On way to virtual organism under controlling of digital copy of its nervous system: results and perspectives for nematode C.elegans // Перспективы систем информатики, секция «научное программное обеспечение», стр. 215-220.

2009

Самоловов П., Штокало Д., Черемушкин Е. Программа для визуализации и поиска вторичных структур РНК.// Стенд. Докл. Наукоемкое прогр. обеспечение. PSI-2009, - 8с.

Д.Н.Штокало. О предельном переходе к уравнению с запаздывающим аргументом в модели синтеза вещества с учетом обратимости и стоков. // Сибирский журнал индустриальной математики, 12:2 (2009), 143-156

Г.В.Демиденко, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, Д.Н.Штокало. Исследование предельных переходов в моделях матричного синтеза линейных полимеров. / / Всероссийская конференция «Математика в приложениях», 20-24 июля 2009 года, г. Новосибирск.

А. Ю. Пальянов, А. А. Диберт. Пакет программного обеспечения для исследования и моделирования нейронных-мышечной системы нематоды C. Elegans в физической среде. / / Перспективы систем информатики, секция «научное программное обеспечение», стр. 215-220.

А. Диберт, Е. Черемушкин, А. Пальянов. Моделирование мышечной системы и двигательного контура нервной системы нематоды C. Elegans / / Материалы XV международной конференции по нейро-кибернетике. Вып.2. Симпозиум «Интерфейс “Мозг-Компьютер”», 3-й симпозиум по нейро-информатике и нейрокомпьютерам. Ростов-на-Дону, т.2, стр. 71-74. http://icnc09.krinc.ru/volume2.pdf

2008

Нечкин С., Пальянов А., Черемушкин Е., Штокало Д., Альберт П., Лоренс Дж. Разработка объединенной среды для анализа и поиска микроРНК. Программные продукты и системы №4 (2008). 

Chekmarev S.F., Palyanov A. Yu., Karplus M. A. Hydrodynamic Description of Protein Folding // Phys. Rev. Lett., 2008, v. 100, 018107.1-018107.4.

Dibert A.A., Palyanov A. Yu. Computer simulation of C. Elegans muscular system and neural network // In: Proc. Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS), 2008.

Штокало Д. Условия корректности моделирования нелинейных и обратимых матричных процессов уравнением с запаздывающим аргументом. // In: Proc. Int. Conf. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS), 2008.

2007

Andrey Yu. Palyanov, Sergei V. Krivov, Martin Karplus, and Sergei F. Chekmarev. A Lattice Protein with an Amyloidogenic Latent State: Stability and Folding Kinetics. // J. Phys. Chem. B, 2007, v. 111(10), pp 2675–2687.

Kochetov A.V., Palyanov A. Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. AUG_hairpin: Prediction of a Downstream Secondary Structure Influencing the Recognition of a Translation Start Site. // BMC Bioinformatics, 2007, v. 8, 318.1-318.7.

Chekmarev S.F., A.Yu. Palyanov, Karplus M. Hydrodynamic View of Protein Folding. // In: Proc. Int. Moscow Conf. on Computational Biology (MCCMB), 2007, p. 61-62.

2006

Kel A., Konovalova T., Valeev, T., Cheremushkin, E., Kel-Margoulis, O., Wingender, E.
Composite Module Analyst: a fitness-based tool for identification of transcription factor binding site combinations.
Bioinformatics. 2006 Vol. 22(10). P. 1190.1197.

Valeev, T., Shtokalo, D., Konovalova, T., Voss, N., Cheremushkin, E., Stegmaier, P., Kel-Margoulis, O., Wingender, E., Kel, A.
Composite Module Analyst: identification of transcription factor binding site combinations using genetic algorithm.
Nucleic Acids Research. 2006. Vol. 34(Web Server issue). P. 541.545

Cheremushkin, E., Konovalova T., Valeev T., Shtokalo D., Taraskina A.
CisSearch: Software Package For Complex Analysis Of Gene Regulatory Sequences.
The 3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics, Singapore . July 17th-18th, 2006. P. 100-108.

Cheremushkin, E., Konovalova T., Valeev T., Shtokalo D., Taraskina A.
Software Package For Complex Analysis Of Gene Regulatory.
3rd International Conference .Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine., Novosibirsk, Russia. July 12-16, 2006 P. 97.

Golosov K., Cheremushkin, E., Konovalova T., Jeff Holmes.
Recognition of Mutations in Sequences of DNA of the Certain Genetic Lines of Organism C. Elegans.
3rd International Conference .Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine., Novosibirsk, Russia July 12-16, 2006 P. 104.

Taraskina A., Cheremushkin E.
Clustering of Microarray Data with the Modified Fuzzy C-means Method.
3rd International Conference .Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine., Novosibirsk, Russia . July 12-16, 2006 . P. 121.

Черемушкин Е.С., Мурзин Ф. А.
Анализ последовательностей ДНК с использованием Кода Голея.
Тез. докл. Шестой международной конференции «Перспективы систем информатики», рабочий семинар «Наукоёмкое программное обеспечение», Новосибирск, 28–29 июня 2006. С.115-119.

Черемушкин Е.С., Коновалова Т. Г., Валеев Т. Ф., Штокало Д. Н., Тараскина А. С. Пакет программ CisSearch для анализа регуляторных последовательностей ДНК. // Тез. докл. Шестой международной конференции «Перспективы систем информатики», рабочий семинар «Наукоёмкое программное обеспечение», Новосибирск, 28–29 июня 2006. — С. 111–114.

Черёмушкин Е. С., Валеев Т. Ф., Коновалова Т. Г., Штокало Д. Н., Голосов К. В., Кель А. Э. ExPlain: программная система по анализу микрочипов и поиску ключевых молекул. // Тез. докл. Шестой международной конференции «Перспективы систем информатики», рабочий семинар «Наукоёмкое программное обеспечение», Новосибирск, 28–29 июня 2006. — С. 106–110.

Тараскина А.С., Черемушкин Е.С., Мурзин Ф.А.
Вейвлет-анализ и кластеризация генетических последовательностей. Тез. докл. Шестой международной конференции «Перспективы систем информатики», рабочий семинар «Наукоёмкое программное обеспечение», Новосибирск, 28–29 июня 2006. — с.91-94.

Мурзин Ф. А., Валеев Т. Ф.
Исследование преимуществ кодирования видеопоследовательностей посредством интерполяционного подхода. // Тез. докл. Шестой международной конференции «Перспективы систем информатики», рабочий семинар «Наукоёмкое программное обеспечение», Новосибирск, 28–29 июня 2006. — С. 86–88.

Тараскина А.С. Черемушкин Е.С.
Обработка микрочиповых данных с помощью алгоритма нечеткой кластеризации. Вычислительные методы и программирование, том 7, 2006, Программирование, стр. 1-5.

Тараскина А.С., Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф., Штокало Д.Н., Черемушкин Е.С. Графическое представление результатов анализа в пакете программ по поиску регуляторных фрагментов в ДНК. Конференция-конкурс "Технологии Microsoft в теории и практике программирования", фев.22-24, 2006, стр. 223-224.

Тараскина А.С., Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф., Штокало Д.Н., Черемушкин Е.С.
Пакет программ CisSearch для анализа регуляторных фрагментов в ДНК. Тезисы конференции "Ломоносов-2006", 12-15 апреля, 2006, Moсква; вып.3, стр.48-49.

Тараскина А.С., Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф., Штокало Д.Н., Черемушкин Е.С.
Пакет программ CisSearch для анализа регуляторных элементов в генах. Тезисы конф."Интеллектуальный потенциал Сибири" Май 17-18, 2006, стр.38.

Валеев Т. Ф.
GraphCut: Задача минимального разреза графа в проблеме генерации текстур. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в теории и практике программирования», Новосибирск, 22–24 февраля 2006. — С. 51–52.

Валеев Т. Ф.
Сжатие битовых линий и интерполяционный подход к сжатию видео. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в теории и практике программирования», Новосибирск, 22–24 февраля 2006. — С. 53–55.

Валеев Т. Ф., Дунаев А. А.
Биоуправление с визуальной и звуковой обратной связью. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в теории и практике программирования», Новосибирск, 22–24 февраля 2006. — С. 165–166.

Голосов К.В., Валеев Т.Ф., Коновалова Т.Г. и др.
БИнтегральная система анализа генетической информации ExPlain.
// Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в теории и практике программирования», Новосибирск, 22–24 февраля 2006. — С. 171–172.

Valeev T.F.
Texture synthesis using graph cuts.
XLIV International Scientific Student Conference, Informatics technologies section.

Valeev T.F.
Studying of interpolation approaches in videocompression algorithms.
XLIV International Scientific Student Conference, Informatics technologies section.

Дунаев А. А., Валеев Т. Ф., Тарасов Е. А.
Исследование методов организации визуальной обратной связи в аппаратно-программном комплексе «БОСЛАБ». // Проблемы интеллектуализации и качества систем информатики. — Новосибирск, 2006. — С. 42–54.

Тараскина А.С., Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф., Штокало Д.Н., Черемушкин Е.С. Графическое представление результатов анализа в пакете программ по поиску регуляторных фрагментов в ДНК. Международная студенческая конференция, Новосибирский госуниверситет, 2006, 1 стр.

Голосов К.В., Коновалова Т.Г., Черемушкин Е.С.
Система визуализации для фрагментов мутации в геноме нематода.
Международная студенческая конференция, Новосибирский госуниверситет, 2006.

Golosov K.B., Konovalova T.G., Cheremushkin E.S., Holmes J.
Mutation recognition in DNA sequences of specific genetic lines of C. Elegans.
Proceedings of the conference "Lomonosov-2006", April 12-15, 2006, Moscow; Vol.4, p.43-44.

Shtokalo D.N.
The "PromExtra" program for gene promotor simbols extracting.
Proceedings of the conference "Lomonosov-2006", April 12-15, 2006, Moscow; Vol.4, p.55.

Штокало Д.Н.
Выделение последовательностей промотора из базы данных гена. Международная студенческая конференция, Новосибирский госуниверситет, 2006.

Штокало Д.Н.
Программный пакет для выделения промотора.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в теории и практике программирования», Новосибирск, 22–24 февраля 2006.

2005

Cheremushkin E., Konovalova T., Valeev T., Kel A.
Methods for search of gene regulatory elements binding sites.
Analytical Tools for DNA, Genes and Genomes: Nuts & Bolts. – DNA Press, October 2005; Chapter 9, pp.185-214

Kel A., Konovalova T., Valeev T., Cheremushkin E., Kel-Margoulis O., Wingender E.
Composite Module Analyst: A Fitness-Based Tool for Prediction of Transcription Regulation.
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics (GCB'05), Hamburg, Germany, Oct 5-7, 2005; 8 pp

Konovalova T., Valeev T., Cheremushkin E., Kel A.
Composite Module Analyst: Tool for Prediction of DNA Transcription Regulation. Testing on Simulated Data.
Advances in Natural Computation, part 2, Springer, Germany, 2005 (LNCS 3611); pp.1202-1205
Proceedings of the First International Conference on Natural Computations (ICNC'05), Changsha, China, Aug 27-29, 2005

Валеев Т.Ф.
Сравнительный анализ методов поиска регуляторных модулей в последовательностях ДНК, использующих данные микроэррэев. // Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ. — Новосибирск, 2005. — С. 21–28.

Koновалова T., Koмашко В.
Обработка данных микрочиповых эксперементов с использованием R языка.
Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ. — Новосибирск, 2005. — С.117-136

Черемушкин Е.С.
Анализ различных типов структуры ДНК с функцией автокорреляции.
Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ. — Новосибирск, 2005. — С.247-252

Штокало Д.Н., Черемушкин Е.С.
Построение программного комплекса “Анализатор регуляторных последовательностей” для распознания цис-элементов в последовательности ДНК.
Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ. — Новосибирск, 2005. — С.253-264

Valeev T., Murzin F.
Some algorithms of videosequences compression and their investigation.
Proceedings of the 15th International Conference on Computer Graphics and Applications (GraphiCon'05), Jun 20-24, 2005; pp 326-328

Валеев Т. Ф.
Исследование алгоритмов компрессии видеопоследовательностей.
// Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 22–24 февраля 2005. — С. 110–111.

Валеев Т. Ф.
Генетический алгоритм как альтернатива для решения некоторых NP-полных задач. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 22–24 февраля 2005. — С. 112–113.

Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф., Черемушкин Е.С.
Поиск композиционных промоторных модулей, регулирующих экспрессию генов эукариот. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 22–24 февраля 2005. — С. 121–122. 2

Черемушкин Е.С.
Анализ ДНК с приложениями теории распределенного спектрального сигнала.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 22–24 февраля 2005. — С.140-142

Черемушкин Е.С., Коновалова Т.Г., Валеев Т.Ф.
Разработка пакета программ по анализу регуляторных областей ДНК. // Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 22–24 февраля 2005. — С. 142–143.

2004

Cheremushkin E.S., Kel A., Lobiv I.V., Murzin F., Polovinko O.
VISUALIZATION OF DNA SEQUENCES BY COLOR CUBE TRANSFORMATION.
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.28

Lobanova M.V., Konovalova T., Cheremushkin E.
WEB-BASED TOOL FOR ANALYSIS OF SNPS IN NONCODING DNA.
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.33

Cheremushkin E.S., Kel A.
PHYLOGENETIC FOOTPRINT: A NEW METHOD FOR PROMOTER ALIGNMENT
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.33

Lobanova M.V., Cheremushkin …., Konovalova ’., Tchekmenev D.,Beschastnov E., Dunaev A., Murzin F.
GRESA DEVELOPMENT TOOLS: THE ENVIRONMENT OF DEVELOPMENT AND TESTING OF APPLICATIONS IN THE FIELD OF THE DNA REGULATION SEQUENCES ANALYSIS
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.35

Cheremushkin E.S.
THE METHOD OF IDENTIFICATION OF NUCLEAR RECEPTOR BINDING SITES
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.35

Konovalova T.G., Ivanov V., Valeev T., Cheremushkin E., Beschastnov, E., Komashko V., Lobanova M., Kel A.
A TOOL FOR REVEALING COMPOSITE MODULES, REGULATING GENE EXPRESSION ACCORDING TO MICRO ARRAY DATA
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.36

Konovalova T.G., Ivanov V., Valeev T., Cheremushkin E., Beschastnov, E., Komashko V., Lobanova M., Kel A.
A TOOL FOR REVEALING COMPOSITE MODULES, REGULATING GENE EXPRESSION ACCORDING TO MICRO ARRAY DATA
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.36

Cheremushkin E.S., Dunaev A., Murzin F.
SYSTEM OF STATISTICAL COMPARISON OF METHODS OF SEARCH OF CIS-ELEMENTS
Proceedings of Computer Applications In Scientific Researches IVTN-2004 p.37

Черемушкин Е.С., Коновалова Т.Г., Мурзин Ф. A., Кель A. E.
Система распознования цис-элементов в последовательнотях ДНК.
Программные инструменты и математические основания информатики. - Новосибирск, 2004. - С. 255-269.

XLII Международная научная студенческа конференция (Новосибирск)
Система статистического сравнения методов поиска цис-элементов.
День молодых ученых Samsung (Новосибирск)

Черёмушкин Е., Половинкo O., Лобив И., Дунаев A.
Визуализация и идентификация подпоследовательностей в регуляторных последовательностях ДНК.
XLII Международная научная студенческа конференция (Новосибирск)

Черёмушкин Е. С.
Сравнение статистических методов поиска цис-элементов.
XLII Международная научная студенческа конференция (Новосибирск)

Черёмушкин Е. С.
Филогенетический футпринт и выравнивание промоторов.
XLII Международная научная студенческа конференция (Новосибирск)

Черёмушкина Е. Н., Черёмушкин Е. С., Чекменев Д., Keль O.
Aлгоритмы идентификации ядерных рецепторов в сайтах связывания.
XLII Международная научная студенческа конференция (Новосибирск)

Бесчастнов E., Лобанова M., Коновалова T., Черемушкин E.
Программная система для выявления цис-элементов.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С. 90-91

Черемушкин E.
Филогенетический футпринт: новые методы выравниавния промоторов.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С. 133-134

Черемушкин E.
Система статистического сравнения методов поиска цис-элементов.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С. 134-135

Черёмушкин Е., Половинкo O., Лобив И., Дунаев A.
Методы визуализации для идентификации подпоследовательностей в регуляторных последовательностях ДНК.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С.136-137

Черёмушкина Е. Н., Черёмушкин Е. С., Чекменев Д., Keль O.
Mетоды идентификации ядерных рецепторов в сайтах связывания.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С.137-139

Коновалова T., Бесчастнов E., Лобанова M., Черемушкин E.
Инструменты разработки GRESA: объединенная среда разработки и тестирования приложениий в области анализа регуляторных последовательностей ДНК.
Тез. докл. конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск, 21–23 февраля 2004. — С. 7-109

2003

Cheremushkin, E. and Kel, A. (2003).
Whole genome human/mouse phylogenetic footprinting of potential transcription regulatory signals.
Proceedings of the Pacific Symposia on Biocomputing, 2003; p.291-302.
PMID: 12603036

Alexander Kel, Klaus Hornischer, Olga Kel-Margoulis, Evgeniy Cheremushkin and Edgar Wingender
Phylogenetic footprints of Composite Regulatory Elements in human, mouse and rat genomes.
Proceedings of the meeting: "Genome Informatics", Cold Spring Harbor Laboratory, May 7-May 11, 2003, p.66

Kel, A.E., Goessling, E., Reuter, I., Cheremushkin, E., Kel-Margoulis, O.V., Wingender, E. (2003)
MATCH(TM): a tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences
Nucleic Acids Res. V.31, p.3576-3579.
PMID: 12824369

Konovalova (Ivanova), T., Cheremushkin, E., Beschastnov, E., and Kel, A.
Applicating of the metropolis algorithm to reveal composite modules in promoters of eukaryotic genes
Proceedings of the European Conference on Computational Biology, (ECCB'2003), Paris, France, Sept. 27-30, 447-448 (2003).

Olga Kel-Margoulis, Klaus Hornisher, Eugeny Cheremushkin, Alexander Kel
Revealing of composite regulatory elements by phylogenetic footprint of three genomes
Proceedings of the "Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'03)" Moscow, Russia, July 22-25, 2003, p.43

Дунаев A. A., Kель A. E., Лобив И. В., Мурзин Ф. A., Половинко O. Н., Черемушкин E. С.
Визуализация генетической информации
Новые информационные технологии в науке и образовании. - Новосибирск, 2003. - С. 147-156.

2002

Kel-Margoulis OV, Ivanova TG, Wingender E, Kel AE.
Automatic annotation of genomic regulatory sequences by searching for composite clusters.
Pac Symp Biocomput. 2002;:187-98. PMID: 11928475

2001

Alexander Kel, Michael Zhang, Olga Kel-Margoulis, Tatyana Ivanova, Edgar Wingender,
A decision tree classifier of promoters based on identification of transcription factor binding sites. (2001)
Proceedings of the conference BIOINFORMATICS 2001, Skovde, Sweden, March 29 - April 1, 2001, p. 23

Alexander Kel , Theresa Zhang , Michael Zhang, Olga Kel-Margoulis, Tatyana Ivanova, Edgar Wingender,
A decision tree classifier of promoters based on composite modu les ofTF binding sites (2001),
In Currents in computational molecular biology (edited by: Nadia El-Mabrouk, Thomas Lengauer & David Sankoff), p.31-32

Alexander Kel , Olga Kel-Margoulis, Tatyana Ivanova, Michael Zhang, Edgar Wingender,
A decision tree classifier of promoters based on TF binding sites (2001),
Proceedings of the conference ISMB2001, 9th International Conference on Intelectual Systems for Molecular Biology, Copenhagen, Denmark, July 21-25, , 2001 , p.48

Alexander Kel, Olga Kel-Margoulis, Tatyana Ivanova, Edgar Wingender, ClusterScan: A Tool for Automatic Annotation of Genomic Regulatory Sequences by Searching for Composite Clusters (2001)
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics GCB 2001, Braunschweig, Germany, October 7-10, 2001, p.96-101.


Компания "Новые Программные Системы" создана на базе Института систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН (ИСИ СО РАН) и поддерживает тесный контакт с сотрудниками института.

 

Сибирское отделение Российской Академии Наук

Технопарк Новосибирского Академгородка

2006-2016 © Novel Software Systems Company. All Rights Reserved.